郑成功看施琅非池中之物于是给了施琅很高的规格，左先锋，并且排兵布阵和行军操练都跟施琅商量，但是这个郑成功和施琅是天生犯冲还是怎么的，总是冲突，从两个事件看郑成功和施琅最后肯定分道扬镳 。
第一件事起源于顺治八年（1651），郑成功军事部署造成的意见分歧。当时郑成功占据厦门不久，统治基础并不巩固，此时他引兵来到广东南澳和郑鸿逵汇合。两人商量后决定分兵，郑鸿逵回厦门巩固，郑成功继续攻打潮州、惠州，争取南下勤王。身为左先锋的施琅认为这一部署风险很大，势必造成厦门防御薄弱，尽管诸多将领劝谏无效，他还是向郑成功提出了不同意见。但是施琅劝说郑成功的方式非常奇特，见到郑成功后，他假说自己前夜做了个梦，预示出师不利，请郑成功重新部署。郑成功闻言大怒，撤销了施琅左先锋的职务，令他和郑鸿逵一起返回厦门。郑鸿逵、施琅回厦门后，果然遭到清军的袭击，郑氏集团损失惨重，而施琅率领部下奋力作战，对清军进攻厦门进行了有效的反击。但郑成功返回厦门后，仅赏赐施琅二百两白银，而没有给他官复原职。其实这就是施琅不知道人情世故，你总跟领导唱反调，如果这次领导正确，你撑死也就是被训斥一顿就不错了，但是如果是你正确，那领导就不舒服了，就得找个机会来整治下你了，于是就罢了你的军权，赋闲在家的施琅对郑成功大为不满，甚至还将他自己的头发都剃了，准备出家当和尚去了，并且将这一想法告诉了郑成功，但是郑成功的意思是别扯这个，所以双方的矛盾日益激化。
这件事主要过失在郑成功，施琅无辜。因为施琅的战略预见更准确，而且事后也验证了这一点，郑成功不承认自己犯了错误，驾驭部下过于严厉。但在这件事上看双方的表现，施琅的问题显然严重得多，他向统帅提建议的方式过于儿戏，缺乏认真诚恳的严肃态度。军事将领对统帅的用兵部署有不同意见是正常的，但在交换意见时，应该中肯地分析各种利弊，帮助统帅拿出切实可行的方案，越是重大问题越应该诚恳严肃。施琅轻率地用托梦的方式，达不到说服郑成功的目的，还造成了很坏的影响。何况当时郑军中的避战派、主和派人数不少，有些人甚至背主投敌；从施琅一贯的政治立场出发，他建议放弃勤王回师福建，是对清朝主和思想的暴露。把军权交给主和派，郑成功无论如何是不放心的。
第二件事是曾德事件，终于导致两人公开反目。曾德最初在郑彩手下，郑彩部瓦解后划归施琅节制。此时施琅已被夺了兵权，曾德不甘心一直郁郁不得志，通过幕后活动，希望回到郑成功身边，郑成功同意。曾德为了在郑军中求得出头之日，从施琅军中改投郑成功手下，对他来说无可厚非。但在施琅看来，这很有可能是郑成功挖自己的墙角，因此对部下另择高枝背叛极为恼怒。无论是郑成功还是施琅，都把部属的效忠当作治军的生命线，背叛自己是绝对不能容忍的，否则带兵打仗将一盘散沙。因此，施琅派人将曾德抓回斩首，以儆效尤。尽管郑成功急令勿杀曾德，施琅也置之不理。郑成功见施琅公然违令、擅自杀人，遂断定施琅将要叛变谋反，立令擒拿施琅全家。并且杀害了他的弟弟和父亲。施琅此时只剩下投奔清朝这唯一的出路。
郑成功和施琅之间的恩怨源于他们之间的政治分歧，和战略思想不同，再加上施琅恃才傲物，而郑成功呢？又缺少驾驭这种人才的气量，两人从最初的战友，但随着时间的推移，两人的关系逐渐的恶化，到了最后的分道扬镳。所以历史无法说谁对谁错，只是在特定的场合特定的时间大家都做了对于自己最有益的事情罢了。
其实从这两起事件就可以看出来，施琅早晚会和郑成功分道扬镳，因为郑成功是铁了心要跟清朝对着干的，而施琅不是，还有一点就是施琅这个情商真的不是很高，你这个老跟领导唱反调那还有你的好啊，所以这下好了弟弟死了，父亲也死了要不是施琅平日的人缘还不错自己估计也挂在那里，中国自古就有句话，伴君如伴虎，这时候的郑成功跟皇上没区别其实就是台湾地区的皇上，施琅这回好了不走也得走了。