霹雳军并没有上岛剿灭敌人，而是将坐滩的船只焚烧后，继续追击北逃的倭船。攻打小流求的倭人共有战船千艘水兵一万一千人，他们在攻城战中伤亡了一千余人，损失了几十艘战船。在霹雳军主力战舰的打击下，又损失了三百余艘战船和二千余人。北上逃跑的五百余艘战船在一路损失之下，抵达萨摩藩以南海域时，只剩下了三百余艘水手不到二千人，且多是轻快船只。倭人航速慢的大中型战船和运输船，要么被击沉或被俘获，要么被迫坐滩。
张宣早已在萨摩藩以南海域静侯倭船。他抵达萨摩藩后，当即对敌人进行了打击。数日之后，萨摩藩港口之中的船只被尽数击沉，城防设施也被摧毁，连距港口四里地的城中宫殿也遭到炮击，领主全家也不得不退往内陆。萨摩藩的经济以贸易和捕鱼为支柱，并在霹雳军构建的海上贸易体系中日益兴盛，因此建立了在倭国首屈一指的军力。为了保护港口和城池，萨摩藩建立了要塞和大量塔楼，并在其上安置了火炮。如果不得罪霹雳军，这些城防设施足保护萨摩藩的繁荣。只可惜随着财富和实力的增长，萨摩藩领主的野心也愈发膨长，他要想的更多，不仅要想要大小流求，更想取霹雳军而代之，成为海上贸易的霸主。
逃到萨摩藩以南海域的倭人战船遭到了灭顶之灾。北海舰队的战舰早以一字排开，以“T”形战法，向敌人战船尽情倾泻火力。几轮火炮之后，水面上漂浮的倭船已不足百艘，船上的水手也死伤过半。逃跑的倭人早已弹尽粮绝，眼见萨摩藩近在眼前以为逃出生天，却不料迎来灭顶之灾。饶是倭人生性凶悍，此刻也纷纷降了。张宣本想下令断续开火，将剩下的倭人也送入海中喂鱼，无奈霹雳军不允许杀降，而各地的矿洞也需要免费的劳动力，只得悻悻下令停火。
接下来便是清剿逃到各小岛上的倭兵。没有了船只，这些倭兵只能困在小岛之上，却也需要及时清剿。眼下正是食物丰富的夏季，倭兵抓虾逮鱼也可果腹，还可以躲在洞中避风，不致于冻饿而死。这些小岛之间相距不过数十里甚至十余里，倭兵可以借助简易的木筏甚至能游到有人小岛上，继续袭击村庄残害百姓，甚至还会夺了渔船变为海匪。只是这些小岛数量众多，岛上地形复杂遍布洞穴，逐一清理极耗时间，陆战队又分别在两淮的涟、海州和济州岛执行任务，北海舰队根本没有精力剿灭这些残余倭兵。
承担这个任务是流求的海军预备役。当接到小流求有警的军情之后，黄大根在台北紧急集结了三百余艘船只和两千海军预备役人员。虽然这些人员多是舰队退役水兵或民兵中挑选的精锐，无奈船只都是征调的商船，火炮的数量和质量也不尽人意。相比倭人，这支临时召集的军队人数和战船数量居于绝对劣势力，火力上也没有明显的优势。不得万不得已，黄大根不敢贸然将他们派往小流求。如今倭人战船已被摧毁，那三四千倭兵又散落在各个小岛，最多的小岛上也不过几百人，正是海军预备役大显身手的时候。
摧毁敌人水军之后，张宣率北海舰队的主力离开了倭国水域。主政济州岛王舜臣告诉他，岛上的高丽军已被清剿干净，但平民伤死近万，财产损失也极重，其中战马损失了数千匹。张宣清楚，眼下还不是他们向高丽人报复的时候，还有更重要的事情待着北海舰队。他将派一部分战舰前往淮东海岸，清剿残存的元军水师和水匪，并支持张贵部对元军的作战行动。另一路则由其亲自率领，为流求和济州前往直沽寨的运输船护航。吴青的海军陆战军将士加上民夫，人数接近十万人，粮草后勤全依赖海路运输，实在不容有失。欧阳轩写信告诉他，即便停止支持淮东战事，也要保证海上航道的安全。
北海舰队的离开，并不代表霹雳军海上力量离开倭国水域——七支私掠船队来到了萨摩藩。这七支私掠船共有三十五艘轻快战船、十八艘中型战船和四艘大型战船。这些战船虽然都是霹雳军退役战舰或改装的商船，配置都是老旧火炮且数量也少，但仍不是倭国和高丽残余的水军所能抵抗的。按照欧阳轩命令的精神，海军参谋部给这七支私掠船队签署了特别许可证，允许他们在倭国和高丽两国任意劫掠。私掠船队船主和船员都是些无法无天的家伙，现在又是奉旨抢劫，必然会让两国的沿海狼烟四起。
张宣临走前，要求私掠船队对倭国和高丽要雨露均沾，更不要逮着萨摩藩这只羊薅。这些私掠船不约而同来到萨摩藩，并不是因为流求都督黄大根的命令，而是因为萨摩藩最