汉昭帝元年，西南地区二十四邑夷民反汉。汉昭帝派遣水衡都尉吕破胡率军平叛，迅速将叛乱平息。
始元四年，再次起兵反抗。这一次吕破胡行动迟缓，致使益州太守被杀，还死伤了四千多人。
随后西汉又派出王平、田广明领大军出征，还调句町侯毋波的亲兵武装配合，捕斩夷民三万余人，虏获牲畜五万余头。从此稳定达五十余年，句町侯毋波也因功劳被封为句町王。
明朝洪武十四年，朱元璋派出傅友德、蓝玉等人率领大军南征云南，顺利平定云南，并将其纳入明朝版图。
到了万历时期，明朝在西南地区实行土司制度，以至于土司势力逐渐膨胀，出现了叛乱的情况。
到了清朝乾隆时期，西南地区的土司制度下，大小金川地区的土司势力不断壮大。
大金川土司莎罗奔在乾隆十一年（1746 年）凭借武力夺取小金川土司泽旺的印信，并攻击明正土司，严重破坏了西南边疆的稳定。
莎罗奔是金川地区土目嘉勒塔尔巴的庶孙，在康熙六十年，莎罗奔被委以副长官司职衔，管理大金川驻牧事务。雍正元年，莎罗奔被授大金川安抚司职衔。他通过政治联姻，将女儿分别嫁给小金川土司泽旺和巴底土司纳旺，以此巩固自己的势力。
莎罗奔攻占明正土司的鲁密章谷是内地通往西藏、青海、甘肃等藏族地区的咽喉与桥梁地带，战略位置极为重要。
这里还是贸易往来的重要通道，掌控着丰富的物资流通资源。莎罗奔的这些行为严重威胁到了清朝的统治和西南地区的稳定，因此清朝政府决定对他进行清算。
乾隆十二年，清廷出兵征讨大金川。莎罗奔率藏族兵民，凭借当地易守难攻的地形和坚固的碉楼，奋勇反击，凭险抵抗。清军久战不进，先后派去的纪山、张广泗、讷亲等将领率领的军队都未能取得胜利。
乾隆十四年，清廷再遣傅恒及岳钟琪前往督师，双方仍相持不下。由于岳钟琪与莎罗奔曾有旧交，在岳钟琪的劝说下，莎罗奔最终在其营中投降，发誓不再反叛。乾隆帝为笼络人心，下诏赦免了莎罗奔的罪行，仍让他担任土司一职。此后，因年老，莎罗奔由侄郎卡主土司事。
乾隆三十一年（1766 年），清廷派四川总督阿尔泰联合九家土司合攻大金川，小金川土司僧格桑却与大金川土司索诺木联合反清，阿尔泰调解无果。到乾隆三十五年（1770 年），大小金川冲突不断。乾隆三十六年（1771 年），清朝政府向金川进兵。
第二次金川之役开始。同年董天弼和阿尔泰被革职。次年，桂林率军攻击木城受挫，参将薛琮部被包围，桂林没有驰援，致参将薛琮以下三十余人阵亡。乾隆三十八年（1773 年），温福战死。
随后，乾隆派阿桂为定西将军，增兵金川。经过多次血战，清军于乾隆四十一年（1776 年）初取胜，历时五年、死伤逾万人、耗银七千万两的第二次金川之役至此结束。
大小金川地区的男子普遍勇猛，自小习武，12 岁以后的男子个个善武，擅长击刺之术，背二三十斤重物登山越岭如履平地，作战时以家庭为战斗单位，父子兄弟一起上阵，具有非常强大的凝聚力，一旦发动进攻都是一拥而上，绝不怕死，在战斗中常常能以十数人胜百人，让清军望风而逃。
当地修筑了大量坚固的碉楼，易守难攻。清军进攻时步步仰攻，殊为费力，而且越靠近对方越难以进攻。
虽然土地贫瘠，但大金川土司莎罗奔对内休养生息，开疆种地，有一定的经济基础来维持军事行动等。并且大小金川所在的嘉绒藏区东连成都，西连西藏，北连西宁、青海，南连云南、贵州，是西南经济的生命线，内地的粮食物资、藏区的茶马贸易等都需要经过此地区，在经济贸易上具有重要的战略地位。
清朝对土司地区的贸易往来进行严格的限制等政策，触及了土司的经济利益，在一定程度上激化了矛盾。土司们认为自身利益受损，对清朝的统治产生不满和反抗情绪。
大小金川土司随着自身实力的增强，野心不断膨胀，开始不断扩张领土，试图扩大自己的势力范围，不再满足于原有的统治格局，想要获取更大的权力和利益，逐渐脱离了朝廷的掌控。