当时的明朝实行着闭关锁国政策，对外交流相对有限，这使得传教士想要进入中国内地传教面临着巨大的困难。
1582 年，意大利人利玛窦抵达澳门，利玛窦于1552年10月6日出生，当时他30岁。出生于一个富裕的家庭，早年接受了良好的教育。他在罗马的耶稣会学院学习哲学和神学，具有较高的文化素养和学术水平。
利玛窦在西方的学习经历使他接触到了当时较为先进的科学知识和技术，这为他后来在中国传播西方的科学文化奠定了基础。
利玛窦19岁时拒绝了父亲让他脱离宗教进入政坛的安排，加入了耶稣会，并决定终身不娶。将自己的一生奉献给了传教事业。他于明朝万历年间来到中国传教并定居。
利玛窦来到中国后努力的学习中文。负责中国传教事务且会说汉语、举止文雅的罗明坚获得两广总督批准，利玛窦得以跟随他进入中国内地的肇庆。
为被中国人接受，他们穿上佛教僧袍，不敢直接表明传教目的。利玛窦向肇庆知府赠送礼物，知府虽多有退回，但对其住所内的自鸣钟颇感兴趣，后来传教士在澳门找来钟表匠并在肇庆制成自鸣钟，西方器物由此敲开了中国禁闭的大门
起初，利玛窦将传教重心放在普通民众身上，但因文化差异，民众常对天主教产生误解，这使他意识到传教的困难。随后，他将眼光转向中国知识阶层，努力学习中文和中国文化。
1584 年，利玛窦绘制了第一幅在中国流传的世界地图，他巧妙移动本初子午线，使中国看起来仍处于世界中心，以迎合中国人的观念，这幅地图改变了中国人的地理观念，也让西方地理大发现的成果直观展现。
1601 年，利玛窦向明神宗进献了自鸣钟、西洋琴、《万国图志》等礼物，获得在京居住的许可。
利玛窦那些西方的天文仪器，像地球仪、浑天仪，让中国人对头顶的星空有了新的认识。他和徐光启一起翻译的《几何原本》，是中国数学史上的重要事件。
《几何原本》是古希腊数学家欧几里得所着的一部具有深远影响的数学着作，利玛窦将其带到中国，并与徐光启共同努力，将其中的前六卷翻译成中文。
这一翻译工作对中国现代数学的发展产生了一定的影响，它引入了西方数学的逻辑推理和公理化体系，为中国数学的发展提供了新的思路和方法，培养了中国人的逻辑思维能力，使人们更加注重数学的严谨性和系统性，为后来中国数学在某些领域的发展奠定基础，但不是唯一的决定因素。
利玛窦努力钻研儒家经典，试图让天主教教义能在中国的土地上生根发芽。他和徐光启、李之藻等明朝官员成了好友。
徐光启（1562 年 -1633 年），上海县法华汇（今上海市）人，明代着名科学家、政治家。官至崇祯朝礼部尚书兼文渊阁大学士、内阁次辅。他毕生致力于数学、天文、历法、水利等方面的研究，勤奋着述，尤精晓农学，译有《几何原本》《泰西水法》《农政全书》等着书，同时他还是一位沟通中西文化的先行者，为 17 世界中西文化交流作出了重要贡献。徐光启于崇祯六年（1633 年）11 月 8 日病逝，享年 71 岁。崇祯帝追赠他为太子太保，并谥为“文定”
利玛窦居住在北京时，其住所并非单纯的教会场所。利玛窦初到北京时，明神宗皇帝批给来华的耶稣会士住地，他以黄金五百两买下其住地旁的“首善书院”（原为明末东林讲学之所）作为私人祈祷所，规模较小。
后来，随着信教人数的增加，利玛窦在 1605 年将其改建成了一座小教堂，名叫宣武门礼拜堂，也就是如今的宣武门南堂。
宣武门南堂是北京历史最悠久的天主教堂。其建筑风格融合了中西方的特色，主体建筑为典型的哥特式风格，高耸的尖顶、细长的窗户和精美的雕刻展现了哥特式建筑的独特魅力。同时，在一些细节之处也融入了中国传统建筑元素，体现了中西文化的交融。
利玛窦于 1610 年 5 月 11 日在北京逝世，享年58岁。在中国28年。被安葬在阜成门外的滕公栅栏墓地。
这一墓地后来也成为其他一些外国传教士的安葬之地，