便有短暂的和解瞬间，也无法抹去他在政治生涯中所遭受的挫折和不公带来的痛苦记忆。
万历六年（1578 年）高拱在悲愤交加下病逝，享年66岁。万历三十年，明神宗诏赠高拱太师衔、谥文襄。
明穆宗朱载坖在位仅六年，将政事交与朝臣后便沉迷享乐。司礼监宦官滕祥、孟冲、陈洪正深受他的宠爱，争相搞一些奇技淫巧的东西来取悦他。
御史詹仰庇曾上疏，宦官表示朱载坖提取的户部银两全部用来创建鳌山、修筑宫苑、制作秋千、建造龙凤舰以及加工金柜玉盆。
刘奋庸也上疏，称朱载坖继位以来下令提取的银两不下几十万，都用来珍奇异宝、制作鳌山的明灯，御用器皿等物也要求全部雕金雕玉。
隆庆五年（1571年），他下诏要求江西烧造瓷器十二万多件，山西织造羊绒三万二千二百多匹，一共花费了一百多万两。他还是裕王的时候，府里姬妾很少，即位后变得好色。隆庆三年（1569年）四月，他以增选宫人为由，下令礼部照例选取民间女子三百人入宫。
隆庆六年（1572年）朱载坖病危，召集大学士高拱、张居正、高仪接受遗命。第二天，他在乾清宫驾崩，终年三十六岁，在位六年。死后，他的庙号被定为明穆宗，谥号契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝，葬于明昭陵。
同年六月十日，皇太子朱翊钧遵其遗诏继位。