朱祁镇即位时年仅九岁（实际年龄七岁多），无法处理政务，因此在他父亲明宣宗的遗诏中要求“国家重务皆上白皇太后（诚孝张皇后）、皇后（孝恭孙皇后），然后施行”。
朱祁镇即位初期，朝政大权掌握在他的祖母张太皇太后手中，她委政阁臣，与号称“三杨”的阁臣杨士奇、杨荣、杨溥以及勋臣张辅和礼部尚书胡濙等共同辅佐朱祁镇。
正统七年（1442 年）十月，太皇太后张氏去世。三杨中的杨荣也已在两年前去世，另外两位杨士奇和杨溥年事已高，逐渐失势。朱祁镇至此开始完全乾纲独断。
正统八年（1443 年）六月，翰林院侍讲刘球敏锐地借奉天殿鸱吻被雷劈这一异常现象，向皇帝上疏进谏。他在奏疏中提出“亲政务以总权纲，任贤德以重大臣”等观点，其矛头直指当时权势滔天的宦官王振。
王振对此极为恼怒，决心铲除刘球。他先是在朝中散布对刘球不利的言论，诬陷刘球心怀不轨。接着，王振暗中指使党羽对刘球进行诬告，给他安插莫须有的罪名。
随后，刘球被投入狱中。在狱中，王振授意狱卒对刘球进行严刑拷打，试图逼迫他认罪。刘球刚正不屈，坚决不肯屈从于王振的淫威。最终，王振下令将刘球杀害，手段极其残忍。刘球就这样含冤而死，成为了王振专权乱政下的又一牺牲品。
事实上，王振专权期间，祸害的远不止刘球一人。大理寺少卿薛瑄因不愿迎合王振，被王振诬陷下狱，几乎丧命；驸马都尉石璟只因责骂家中的阉奴，就被王振罗织罪名投入狱中；
国子监祭酒李时勉因未对王振阿谀奉承，王振便借故枷住李时勉于国子监门前，险些将其迫害致死。这些正直之士皆因不肯向王振低头而遭受迫害，王振的专权乱政使得朝堂乌烟瘴气，正义之士噤若寒蝉。
16 岁朱祁镇亲政后，起初颇有一番雄心壮志，延续了“仁宣之治”的兴盛，在朝政、吏治、赈灾等方面做出了一定成绩。
正统十四年（1449 年）二月，瓦剌首领派遣两千人马向明政府邀赏，因王振不肯满足他们要求，七月，瓦剌大举攻明。在王振的怂恿下，朱祁镇御驾亲征。攻打日益崛起的蒙古瓦剌部。
朱祁镇率领号称五十万的大军出征，军队出发后，后勤补给困难，加之天气恶劣，士兵们疲惫不堪。而军政大权皆由王振独揽，他毫无军事才能和战略眼光。
在行军途中，王振为了满足自己的虚荣心，多次更改行军路线，导致士兵们怨声载道。当大军抵达大同后，前方传来明军战败的消息，王振心生恐惧，决定班师回朝。
在撤退过程中，王振又为了让大军经过他的家乡蔚州“衣锦还乡”，再度更改路线。最终，在土木堡一带，明军被瓦剌军队追上并包围。
瓦剌军队切断了明军的水源，使得明军陷入绝境。在极度缺水和疲惫的情况下，明军士气低落，战斗力锐减。瓦剌趁机发起攻击。
明军在与瓦剌军的交战中惨败，死伤众多。明军被瓦剌追兵斩杀三万余人。最终明军在土木堡被瓦剌骑兵围困，全军覆没，王振死于乱军之中，英宗朱祁镇被俘。此次事变导致明军精锐死伤几十万。
朱祁镇，在土木堡之变中被瓦剌俘虏。命运的波折并未就此停止，其弟郕王朱祁钰在众人的拥戴下登基称帝，遥尊朱祁镇为太上皇，改元景泰。
景泰元年（1450 年），朱祁镇被瓦剌释放回京。可等待他的并非兄弟间的温情迎接，而是被朱祁钰软禁于南宫。
朱祁钰对他的监管极为严格，不仅限制他的行动自由，还在生活物资的供应上百般刁难。此外，朱祁镇的被俘也给明朝皇帝带来了诸多限制。
此后皇帝御驾亲征几乎成为奢望，出宫极为困难，无法直接了解民间疾苦，只能依赖外臣或厂卫，导致皇帝与外廷关系紧张，制定的政策也可能不符民情，民怨在明朝中后期愈发积聚，农民起义频繁。这一系列的变化，如沉重的枷锁，拖拽着明朝一步步走向衰落的深渊。
在南宫朱祁镇度过了漫长而煎熬的岁月。整整七年，朱祁镇被困于这狭小的天地，心中的愤懑与不甘日益累积。
还好仍有一些忠心耿耿的旧臣和宫女太监，在暗中关心和照顾着朱祁