因为在早期是有这个议政王大臣会议的，这个机构，决定国家的大事。都是从议政王大臣会议所出，他们决定的事儿，皇上也不能改变，即使是强如皇太极当时也是跟着四大贝勒共治国政，就像后面的多尔衮的剃发令以及鳌拜专权都是这议政王大臣会议存在的结果。所以，如果康熙想自己说的算的话，那这个会议就是自己的一个阻碍，所以这个议政王大臣会议跟皇权必然产生矛盾。
康熙是一个非常有远见的皇帝，他深知权力和文化控制的重要性，我与其跟这帮亲贵们较劲儿，我干嘛不建立一个属于自己的班子啊？我找自己的一帮人商量，我绕开你们不就完了呗，所以康熙16年，南书房机制应运而生。康熙皇帝命令试讲学士张英，内阁学士高士奇为南书房行走，这也是最早的两位南书房行走，入南书房当职。南书房行走啊，不是你整天在这屋里走啊，你可以理解为机要秘书。这个活儿巨辛苦，首先一点。随叫随到，皇上要是有紧急事儿，找你商量，找不到人可不行啊，所以为了传唤方便，一般会把他们的住所从外城。迁到内城，第二点就是工作时间长，可以说是非常的长，南书房行走啊，晨入暮出。上班时间差不多是早七晚五啊，你说这个没什么呀，早七晚五但是古代交通那么不方便，这非常不容易啦，皇上，下午五点以后基本上不办公了，八九点钟就要睡觉了，所以不论严寒酷暑，你南书房行走都得来，即便是皇帝外出。南书房行走也要当值，皇宫里啊，包吃不包住，你不能住在皇宫里啊，因为皇宫里面只能有一个男人就是皇帝，不然说不清楚。所以一天就为他们准备两顿饭，就是早午膳。因为这个满洲人，信奉萨满教，所以他们不吃晚饭，就是两顿饭，皇上也一天就吃两顿饭，早饭，这个九点吃，晚饭下午两点吃，他的晚饭实际上就是咱的午饭，下午两点吃，然后呢，一般情况下，到晚上有一顿这个。他叫饽饽席，一般就是奶酪饽饽，奶茶春卷什么的，所以这个你入宫当时皇宫里就管这两顿饭，还有你不能住在宫里，你每天得出去，然后第二天一大早得来。咱们就时间都耗在道儿上了，通勤时间特别长，但是不管怎么讲，南书房就逐渐成为最能影响皇帝的机构。
南书房作为康熙朝时期非常重要的机构，他影响到了政治和文化的方方面面，在政治上之前说过了，他们充当了康熙的智囊团，为康熙出谋划策，推动了一些非常重要的措施的实施。南书房还有个非常重要的作用就是在文化上。
南书房在文化上，他有个作用就是笼络文人墨客，通过给他们官职，就是南书房行走，使得这些文化精英成为了康熙的铁杆拥护者。因为他们文化水平非常的高，所以南书房又是一个学术研究中心，类似于现在的科学院，那这些行走可都是院士了，这可是我国科研的最高职称了。这些院士在整理和研究文化的同时，也在积极的吸取外来的文化，推动了文化的繁荣，这里面还孕育出了不少的文学家，书法家和画家。另外南书房还是康熙的皇子们学习的地方。
由于南书房的存在，导致之前的议政王大臣会议的存在感非常的低，康熙基本上将权力抓在了自己的手中，不但笼络了天下士子的心，还在一定的程度上缓和了满汉的矛盾，真可谓是一次成功的改革。