于是不管当时行军环境多么艰苦，坚持再次御驾亲征。于是在1696年的2月，浩浩荡荡的清军有大概十万之众，被精心部署在了东西中三路兵团。简单介绍下这三路大军：
东路由这个沙俄的克星雅克萨之战的名将黑龙江将军萨布素负责。率领九千人从大兴安岭出发，沿着克鲁伦河向西出发，并且沿途阻截噶尔丹前进的路线。
西路军由抚远大将军费扬古统帅。他这条路线啊，是这一次主力。这个兵力最多人是人数最多的，他们分别从归化和银川两个地方出发，浩浩荡荡的向北挺进。在茫茫的沙漠中，克服了很多的困难，就如同沙漠中的利刃一样。
中路是康熙皇帝亲自率领，兵力是，这里面的兵种主要是精锐的八旗军和火器营的士兵，从独石口出发一路向北。
最终三路大军如同洪水汇聚一样，共同来剿灭噶尔丹，这次不管是兵力还是装备，都比第一次征讨的时候强太多了。为了支持这次的战斗，康熙不仅调集了大量的兵马。还组成了庞大的运输队，带了五个月的口粮，光运粮的大车就有6000辆。
行军路上，绝大部分的省份都被动员了起来，设立驿站和军需粮仓，以保证军队能够拥有充足的弹药和马匹的补给不久之后。康熙皇帝的前线指挥部得到了一个惊人的消息，说人家准噶尔那边儿不是吃素的啊，沙俄派了六万火枪兵准备增援准噶尔。这个消息一经传开呀，立马就引起了大家的恐慌，大臣们纷纷劝诫说，皇上赶紧起驾回宫，太危险了啊！六万火枪兵，咱干不过人家！康熙皇帝一听龙颜大怒啊，此番远征势在必行，再有敢言退者，定斩不赦，所以皇上的坚持就大大鼓舞了军队上下的士气，全军急速。向克鲁伦河和吐拉河上游推进，而这个噶尔丹的军队呢，这个时候也在这个巴彦乌兰。
噶尔丹完全没料到这次的战斗规模是这么大，当他登上高山举目眺望的时候他看见的是无数的清军营地，和无数的清朝士兵。他感觉这难道是天兵天将吗，于是他抱着好汉不吃眼前亏的态度，赶紧跑。
康熙是不会让这个一举歼灭噶尔丹的机会溜走的，于是他下令果断出击，对噶尔丹是穷追不舍，噶尔丹是一边战斗一边撤退，那怎么能撤退的利索。损失了上万名士兵，帐篷装备无数才勉强摆脱了康熙的大军追捕。
真是怕啥来啥，就在噶尔丹撒丫子跑的时候，在昭莫多地区，西路的统帅费扬古遇到了准噶尔的主力部队，这场战斗清军无论从人数上和军事技术上都以压倒性的优势主导了战场。而对这个准噶尔军，形成了科技碾压的武器，就是南怀仁制造的火炮。噶尔丹和他的妻子阿努可敦，面对清朝大军的重重包围，决定跟他们拼了，召集了能召集的所有力量，向山头发起了猛烈的冲锋，意图歼灭费扬古的主力部队，其实他们的目标非常明确根本就不是歼灭军队，因为他知道这是不可能的，他们想得只是突破重围，逃出生天。可是清军不会给你这个机会的，他们占领高地，开始向包围圈里面疯狂的射箭，开枪，放炮。一时间是箭如雨下，火炮轰鸣，战场上更是尸横遍野。噶尔丹见大势已去，自己也是孤掌难鸣，就赶紧选择逃跑。这一举动使得军心涣散，失去了主心骨，整个军队迅速的瓦解了，所以清军很快就打扫战场了。
这一仗，清军斩首2000余骑，生擒100余人。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵逃离战场啊。这场战斗他基本上已经赔光了老本，已经不能跟清朝抗衡了。基本上他对康熙已经构不成威胁了，几天之后。康熙皇帝这才率领主力部队踏上归途，得胜返京。
同时给青海湖附近，漠西蒙古各部首领写信。告知他们谁要是看见噶尔丹把他捆吧捆吧，给我送北京来，如果你们敢包庇他，就跟他同罪，大清就对你们动手，我天朝大兵势必踏平你们。
由于这个噶尔丹原来的根据地被他的侄儿策往阿拉坦坦占领了，再加上康熙的一吓唬沿途首领又没有人敢接应他，其实他的有些亲信看到噶尔丹已经日薄西山了，于是纷纷倒戈投靠了清朝了。所以这个战败后的噶尔丹就只好流窜到了一个叫阿察阿木塔台的地方。经过两次大战，噶尔丹集团已经土崩瓦解，成不了什么气候，所以康熙皇帝要求噶尔丹投降，但是噶尔丹是真有刚啊，我就是不降有种你弄死我。
康熙皇帝决定满足他的这个要求，于是康熙36年。皇帝再次带兵亲征，这个时候的噶尔