当时的朝廷主要是有两派，一派是以索额图为主他们不主张撤藩，另一派以户部尚书米思翰为首他们是主张撤藩的。这场辩论也是非常的激烈
索：“我不主张撤藩，理由是吴三桂自打从跟摄政王多尔衮合作开始就是一直为大清所用，且这些年是屡立奇功，况且也是他亲手弄死的永历皇帝，他于大明实际上是没有退路了，只能跟着我们大清，只要我们对他不薄，他可以世代镇守云南，其实他的意思就是吴三桂的想法想做大清的黔国公世守云南，如果你这个撤藩很容易把他逼反了，那就得不偿失了，不但失去了一个大将有可能还多了一个强大的敌人。”索额图说完之后其实他这番话实际上说中了当朝好多人的心声，大家纷纷表示同意，这个意见就占了大多数。
米：“现在平西王的官兵已经早就超出朝廷的建制，而且他管朝廷要的钱，和在蒙古和俄罗斯购买的军马火器已经完成可以装备一支强大的军队了，如果不在这个时候抑制他还在什么时候，特别说了他现在给朝廷报上的建制是十七万大军，如果将这些兵马钱粮用上可能就摇身一变直接变成了七十一万。”他这派的人就少的多了，只有纳兰明珠和莫洛等几个大臣同意撤藩，但是明显能感觉的出来康熙皇帝听到撤藩他的眉头是舒展的，所以康熙皇帝他是主张撤藩的，因为一个有作为的皇帝是不会允许藩王做大的。
两方各执己见，相争不下，每个人都说自己说的有道理，相反撤藩的说不撤藩的是别有用心是不是跟吴三桂串通好的，不撤藩的说撤藩的简直就是黄口小儿根本不懂什么叫政事，还说你们根本就不了解吴三桂你这样肯定会给他逼反的。又是一顿吵，最后这个难题不得不由康熙皇帝乾纲独断。这个时候的康熙皇帝刚除去了鳌拜，虽然只有十九岁给现在也就是刚上大学的大一学生吧。但是他做事极其果断，考虑到吴三桂之子吴应熊在北京，他也知道这三藩的这三个藩王，他们是撤藩他们也反不撤肯定也反，于是告诉吴三桂平西王及其所属兵丁，离开云南撤到山海关外，并且手下大臣去监督吴三桂撤藩。
但是这个事情，当时康熙做这个决定是非常艰难的，这是后来知道了平定了三藩，那如果没有平定的话估计康熙就是这个事情的罪人，当然也有好多大臣也在捧康熙，认为这个少年天子可以除去这个满洲第一巴图鲁鳌拜，搞个三藩也是不在话下的。
这消息一传来，吴三桂是彻底震惊了，这什么情况，你这天下是我给你打下来的，明朝是我给弄灭亡的，我这卖主求荣的结果到了这个结果，果然是那句话无情最是帝王家，但是现在他还不能发作，只能一方面允诺朝廷撤藩甚至说老臣没啥想法还是赏赐一些酒啊肉啊啥的迷惑朝廷，一方面就做了谋反的准备了。想着等到了中原地区我在突然反叛打你个措手不及，因为他知道当年的李自成也是直接杀进了北京崇祯皇帝就直接上吊去了，他想也来个这个，你不是让我在山海关吗，这我入关加上我这几十万人打到北京就跟玩一样。可是这些小算盘被一个小人物给打乱了，他就是云南巡抚朱国治这个哥们实在是太敬业了，一直在问吴三桂的撤藩离开云南的日期，发现吴三桂似乎没有撤藩的意思，于是隔三差五的就去问吴三桂，王爷咱们啥时候走啊，明天走不，后天走不，一直问，吴三桂一看装不下去，于是直接把这哥们给杀了祭旗。
于是在康熙十二年十一月，召集所有人马宣布与大清决裂，并且剪掉了辫子，换上了明朝的服饰，当时的文武官员都吓了一跳这什么情况，大家也是一头雾水。吴三桂发表了和清廷对立的诏书可谓是慷慨陈词，说什么我这是曲线救国，我实际是大明的内应忍辱负重多少年之类的其实明眼人一看就知道这是他不想撤藩找的借口。他自称自己是大明天下都招讨兵马大元帅，宣布我要反清复明了。
随着吴三桂的振臂一呼还真有不少前明的遗老遗少，还有对当时朝廷不满的人就云集响应，其中靖南王耿精忠已经在福建举起反旗与吴三桂是开始呼应起来了，相反平南王尚可喜对朝廷可谓是忠心耿耿，一直以广东的弹丸兵力牵制东南的叛军，可是没想到这家伙有个不听话的儿子，他的儿子尚之信将他老爹软禁起来了，因为他早就和吴三桂达成一致了。
没有几个月尚可喜就在自己的府邸去世了，享年七十三岁，并且在他临死的时候他换上了当年皇太极赐给他的官袍，他的意思就是我誓死效忠大清。随着尚可喜的去世儿子尚之信逐渐掌握了兵权，这个时候就是福建的耿精忠，云贵川的吴三桂，广东的尚之信相继叛乱，还有陕西提督王辅臣还有天下对清朝不满的所有势力都揭竿而起相继宣布反叛清朝。