对大明来说漠南蒙古归顺满洲这边的防守防线就被拉长了，由宁远到宁夏就都是防守的前线了，其实这个时候明眼人都看得出来，明朝完蛋是迟早的事情。一下子并过来这么多蒙古人，于是皇太极下令建立蒙八旗。皇太极的盟旗制度，掌握了蒙古的金融和税收，充实了大清的军费。就这个制度一直延续到了1949年之后，可见皇太极的制度是非常完善且有效的。
“文馆俗称书房，是后金国汗召集部分儒臣起草文书诏令的处所。早在努尔哈赤时期，即已有人从事类似的工作，但无正式机构。像创制满文之额尔德尼，往来奉使于蒙古之希福，以及翻译汉文典籍之达海，都因兼通满、蒙或汉文而被努尔哈赤重用，并赐以“巴克式”之称号，亦称“榜什”（汉语文士之意）。皇太极于天聪三年四月，正式将文馆的工作分作两值（班），巴克什达海与笔帖式刚”“林、苏开、顾尔马浑、托布戚四人翻译汉文书籍，巴克什库尔缠同笔帖式吴巴什、查素喀、胡球、詹霸四人记注后金国朝事。从此文馆成为一个正式的办事机构。其授官为参将，游击者称巴克什，次之称笔帖式，其以儒生入馆工作尚未授官者称秀才，或称相公，无定员。文馆最初主要负责人是满人，后来逐渐增加汉人。文馆的设立，使文人参与后金政治并发挥了很重要的作用。文馆的工作除了记录后金每天的政治大事，翻译汉文典籍、起草国书、政令而外，还兼管章奏出入，有明朝通政司的职能。后金内部的许多改革建议多半是由文馆诸臣提出的。至于对明的战守方略，文馆诸臣提出的建议就更多了.
由于文馆的作用的重要性以及皇太极称帝的需要，天聪十年（1636年），将原来掌管翻译文书、记注国史、出纳奏章、传宣诏令、撰写功臣敕书的“文馆”改为内三院，即：内国史院、内秘书院、内弘文院，分任职掌。内三院共设大学士四人（内秘书院二人），学士十五人。其行政机关与军政征伐机关与组织这才进行了区分，改变了过去军政不分、文武合一的格局，后金国家中央组织机构日趋完善。而内三院大学士也由单纯办理文书事务，开始在一定程度上能够参与议政。如秘书院大学士范文程，范文程居清朝开国文臣之首，为皇太极心腹，以大学士参与议政决策，故内三院已隐然初具内阁的规模，且包含翰林院的职掌，如“进讲”、“侍讲”，编纂国史，撰拟祭告文等。
早在努尔哈赤时期，当时辽宁沈阳的生员，范仲淹的第十七世孙就投靠了后金。这个人是满腹经纶才高八斗学富五车，但是没有得到努尔哈赤的重用，这个也正常，在后金刚刚创立时期，靠的是抢地盘得能打仗，需要像额亦都，费英东这样的才行，有什么事大家一讨论，然后老汗王一做决定就行了，即使再有才华，人家不需要啊。但是皇太极是想做天下的主人的，他知道天下间汉人的人数是满人的十倍不止，杀光他们是不可能的，所以只要征服汉人的心才行，要不他们还得起来造反，于是非常重用范文程，其中代善选择退出与皇太极平起平坐他也是听了范文程的建议，后金的一些小贝勒也是跟着范先生学习的儒家思想。皇太极凡是遇到难题就找范先生商量，满蒙汉为一体就是他提出来的。这个时候皇太极从偏安一隅的小国之主思想慢慢的转变为了可以统一天下富有四海的万乘之君。皇太极受到汉化的思想之后把这些又交给了他的后代们并且要求子孙代代都要学习，所以清朝的皇帝每个都是满腹经纶完爆明朝的一众文盲皇帝。
皇太极把后金的管理架构方式也进行了更改，仿照了明朝内阁制设置了六部二衙门，六部就是吏户礼兵刑工，其中吏部是管官员的升官调离的，相当于今天的组织部，人事部。户部是管钱的就是财政部，礼部是负责祭祀（这个在古代非常常见），科举事务，兵部是负责国家军队的事务就是国防部，刑部是负责法律和监狱的事务类似最高人民法院，工部是国家的工程类型项目比如水利，交通，改造宫廷项目就是建设部，；六部的长官均为尚书大多是朝中的一品大员。二衙门就是理藩院负责民族事务类似于今天的外交部和都察院负责监察事务类似于中纪委。
“六部与都察院、理藩院合称八衙门，是当时清王朝中央一级的最高行政机构，基本上是按照明王朝的模式建立的，但也保留了一些清王朝的民族特点，即所谓“参汉酌金”（宁完我奏语）。像理藩院，则是明王朝没有的。清特别重视争取联合其他少数民族的工作，这是中国历史上其他王朝所不及的。”
清朝内阁的主要官员定为大学士满、汉各一人，均为正一品；协办大学士满